萨伦并没能跑多远，薛普很快追踪他并找到了其在沃梅尔星球的基地，发现那里并不仅仅是个行动基地，也是个培育场。
萨伦正在培养一批克洛根军队。他找到了针对基因噬体的治疗方法，基因噬体是一种让克洛根新生儿存活率极度下降的病症，这阻止了他们的扩张，现在的克洛根是一个人口缓慢降低的种族。
但是萨伦培养的克洛根人都是他的奴隶一群盲目服从萨伦意志的野兽。
薛普准备摧毁这个基地，还有所有的研究资料。但是克洛根佣兵莱克斯不同意，并且强烈的抗议。
莱克斯想用这个疗法来治疗他的同族，薛普试着说服他：这些克洛根并不是自然产物，也没有纯种克洛根的荣耀，要求他帮着摧毁这里。
幸运的是莱克斯总算想通了，他认识到这并不是帮助他同族的好方法，那个萨伦亵渎了克洛根的血统，大量制造人工培养的牺牲品，他才是真正的敌人。
薛普小队最终到达基地中心时，发现萨伦离完成他的计划仅一步之遥。
他已经和收割者有了接触，之前以为萨伦的旗舰是一艘飞船，其实那是个收割者霸主。
霸主与薛普对话，他感受到了纯粹的对生物的恶意一单纯的想要灭绝所有智慧生命的。但薛普不明白萨伦为什么要帮助它。
薛普很快确定了计划，摧毁这个基地然后赶快离开，让阿什利和凯登各带领一队来分散敌人注意，然后薛普的小队携带小型核弹进入，用它来摧毁基地。
就在引爆之前，萨伦出现了，薛普与其异能试探后对话，拖时间。
薛普在和他对话后，发现果然并不是萨伦控制了其他人，而是他和他的手下都被霸主控制了。
萨伦认为可以掌控收割者，让他们为生灵服务，但他的行为确实是在引导收割者入侵，这是被教化的表现，他沉醉在霸主的幻象和谎言中。
双方无法达成共识，战斗最终爆发，萨伦不敌，逃跑了。但两个队友同时陷入险境，只有几秒钟去思考，薛普最后选择了救下阿什利，凯登牺牲了。
薛普回到了船上，在动员讲话后，队伍士气高昂，带着必胜的决心前往萨伦的老巢一埃洛斯，一个很久以前属于普罗仙族的失落星球。
队伍追踪赶到那个星球，发现了史前文明普洛仙的资料库，这能解决最后的幻象拼图，揭示收割者的目的。
收割者5万年前来过银河系，并且之前每5万年，它们都会清洗银河系所有的智慧生命体。
普洛仙族就像之前的其他种族一样，和收割者对抗，然后最终灭绝。
但是少数灭绝得较晚的普洛仙人留下了一些宝贵的经验。
普洛仙人发现神堡是控制质量中继器的关键，通过拆开神堡，他们发现了关闭通向暗空间中继器的方法，用来减慢收割者的回归，这为这个循环的智慧生物找到了阻滞收割者入侵的方法。
萨伦提前发现了这个，于是带着他的部队去控制神堡，来重建通向暗空间的中继器，把正在等着的收割者带来毁灭所有人。
薛普乘坐诺曼底来到神堡，发现这里已经严重受损。
萨伦奇袭了神堡议会的舰队，现在人类的星联舰队是唯一目前集结的舰队了，但在萨伦的旗舰霸主的威力面前，舰队没有足够力量来夺回神堡。
星联和议会的舰队和萨伦的部队作战时，薛普小队在神堡里找到了萨伦，在神堡主塔里爆发了激烈的战斗，终于干掉了萨伦，他死前仍抱着对收割者的幻想。
正在薛普进行夺回神堡的战斗时，议会的旗舰“天命超凡号”陷入危机，被霸主和萨伦的部队攻击，议会发出求救，但薛普选择不理会，保存了人类星联的舰队，神堡议会的议员们被消灭了。
即使夺回了神堡，星联舰队和神堡的舰队也消灭了萨伦的部队，霸主这个收割者也仍然极难对付的。
经过试探和一些损失，最终发现了大量炮火同时从各个方向一齐攻击的方式去让其护盾超载，舰队干掉了这个收割者。
战后神堡议会重建，人类靠着在这场战争的表现赢得了第一个议会的席位，但是这是一场空虚的胜利，收割者仍然存在，战争还远远没有结束。
薛普作为带领众人对抗萨伦的幽灵特工，推荐了他的老上级安德森舰长作为人类的第一位议会议员。
战争结束后，随着时间的推移，神堡被重建，议会也重振旗鼓，薛普被派去寻找阻止收割者的方法。
收割者的存在并没有被公布给大众，官方说法是萨伦带着杰斯入侵，薛普是被派去寻找萨伦的残党。
几星期后，诺曼底号飞船被伏击并被摧毁，薛普没能乘坐上逃生舱，被飞行员目击到坠入太空，在失踪数月杳无音讯后，星联宣布其战死。
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